新式的水雷射設備能應用在軟組織(口腔黏膜、牙齦)或硬組織(齒槽骨、牙齒)。在非手術治療階段，水雷射治療能夠大幅減少傳統超音波洗牙機器與牙周刮刀併用所造成的刺耳不悅聲音與震動，以及牙科麻醉藥使用量；只是要徹底清潔牙結石，通常比傳統方式更久，甚至耗時數小時。目前牙周學界的共識是，雖然雷射的確在某些牙周病治療效果指標有效果，傳統牙周治療流程仍無法完全被取代。

當代牙醫診所院長葉立維表示，雷射治療有很多好處，但是美國和台灣牙周病醫學會，卻對雷射治療牙周病抱持保守看法。原因之一是雷射如果操作不當，也有可能會造成傷害。

「曾在醫學中心看到在使用雷射治療後所造成骨壞死的副作用！」不同雷射種類，雷射光的波長不同，某些波長的雷射穿透力強，易造成局部熱能集中，而導致牙齦損傷和牙周骨頭壞死。葉立維強調，操作的醫師需要全盤了解雷射的種類與特性，才能避免不必要的副作用。

葉立維說，雷射治療過程絕對要謹慎，從個人安全的防護、雷射系統種類的選擇、功率與參數的設定、甚至是雷射光纖照射到組織的時間和距離，都需要有一定的經驗。他也建議患者如果想接受雷射牙周病治療，不僅要找對牙周病有專長的醫師，也應詢問醫師是用哪一類的雷射，才能對牙周病治療有實際幫助